Lors de la synth\u00e8se de peptides de recherche par Fmoc-SPPS, toutes les \u00e9tapes de couplage n’atteignent pas cent pour cent. Un faible pourcentage de groupes amino reste non atteint et, sans intervention, ces couplages manqu\u00e9s s’accumulent en un m\u00e9lange de sous-produits qui abaisse la puret\u00e9 finale du mat\u00e9riel de recherche. Deux m\u00e9canismes jouent ici un r\u00f4le central\u00a0: le capping et la rac\u00e9misation. Cet article d\u00e9crit leur origine, leur importance pour la qualit\u00e9 d’un lot de peptide et la mani\u00e8re dont les laboratoires les prennent en compte dans leur strat\u00e9gie de synth\u00e8se.<\/p>\n
\u00c0 chaque cycle de couplage en SPPS, un acide amin\u00e9 activ\u00e9 r\u00e9agit avec le groupe amino libre du peptide en croissance sur la r\u00e9sine. En pratique, cette r\u00e9action n’est jamais compl\u00e8te\u00a0: une fraction des groupes amino ne r\u00e9agit pas, g\u00e9n\u00e9ralement de l’ordre d’une fraction de pour cent par \u00e9tape. Pour un peptide de vingt ou trente r\u00e9sidus, cela finit par s’additionner.<\/p>\n
Le capping est l’\u00e9tape au cours de laquelle ces groupes amino restants, n’ayant pas r\u00e9agi, sont d\u00e9lib\u00e9r\u00e9ment bloqu\u00e9s, g\u00e9n\u00e9ralement \u00e0 l’aide d’un r\u00e9actif d’ac\u00e9tylation tel que l’anhydride ac\u00e9tique. Le but n’est pas de r\u00e9parer l’erreur, mais d’emp\u00eacher cette cha\u00eene n’ayant pas r\u00e9agi de continuer \u00e0 cro\u00eetre lors des cycles suivants. Une cha\u00eene coiff\u00e9e s’arr\u00eate \u00e0 ce point et devient physiquement plus courte que le produit final vis\u00e9 pendant la synth\u00e8se.<\/p>\n
Sans capping, une cha\u00eene n’ayant pas r\u00e9agi participerait tout simplement au cycle de couplage suivant comme si de rien n’\u00e9tait. Le r\u00e9sultat est un peptide auquel il manque simplement un acide amin\u00e9\u00a0: une s\u00e9quence de d\u00e9l\u00e9tion. Comme ces s\u00e9quences sont proches du produit souhait\u00e9 en masse et souvent aussi en temps de r\u00e9tention, elles sont notoirement difficiles \u00e0 s\u00e9parer par HPLC standard en phase inverse.<\/p>\n
Gr\u00e2ce \u00e0 un capping d\u00e9lib\u00e9r\u00e9, une s\u00e9quence de d\u00e9l\u00e9tion devient \u00e0 la place une cha\u00eene coiff\u00e9e fortement raccourcie. Ce fragment plus court diff\u00e8re bien davantage du peptide complet sur le plan physico-chimique, ce qui simplifie consid\u00e9rablement la s\u00e9paration lors de la purification. Le capping fait donc passer le probl\u00e8me de \u00ab\u00a0presque impossible \u00e0 s\u00e9parer\u00a0\u00bb \u00e0 \u00ab\u00a0relativement facile \u00e0 \u00e9liminer\u00a0\u00bb.<\/p>\n
Outre la d\u00e9l\u00e9tion, la rac\u00e9misation intervient dans l’\u00e9tape de couplage elle-m\u00eame. Lors de l’activation d’un acide amin\u00e9, un interm\u00e9diaire peut se former, un cycle oxazolone, qui peut, par \u00e9nolisation, inverser le centre st\u00e9r\u00e9og\u00e8ne de l’acide amin\u00e9. Il en r\u00e9sulte un acide amin\u00e9 D \u00e0 une position o\u00f9 un acide amin\u00e9 L \u00e9tait pr\u00e9vu, ce qui produit un diast\u00e9r\u00e9oisom\u00e8re du peptide cible plut\u00f4t qu’une d\u00e9l\u00e9tion ou une troncature.<\/p>\n
Ce risque n’est pas le m\u00eame pour tous les acides amin\u00e9s\u00a0: la cyst\u00e9ine et l’histidine sont connues pour \u00eatre particuli\u00e8rement sujettes \u00e0 la rac\u00e9misation lors du couplage. Des additifs tels que le HOBt ou l’OxymaPure, souvent d\u00e9j\u00e0 pr\u00e9sents lors de l’utilisation de r\u00e9actifs de couplage comme le HBTU ou le HATU, freinent la formation de l’interm\u00e9diaire sujet \u00e0 la rac\u00e9misation et maintiennent faible la proportion d’acide amin\u00e9 D.<\/p>\n
Les s\u00e9quences de d\u00e9l\u00e9tion et les produits de rac\u00e9misation sont deux des principales sources d’impuret\u00e9s dans les peptides de recherche synth\u00e9tiques, aux c\u00f4t\u00e9s de l’oxydation et d’autres voies de d\u00e9gradation pouvant survenir apr\u00e8s la synth\u00e8se. Pour un chercheur qui \u00e9value un CoA, cela explique pourquoi les chiffres de puret\u00e9, les chromatogrammes et, le cas \u00e9ch\u00e9ant, l’analyse chirale donnent ensemble une image plus compl\u00e8te qu’un simple pourcentage de puret\u00e9. Un peptide peut para\u00eetre analytiquement pur au vu de sa masse alors qu’une faible proportion de diast\u00e9r\u00e9oisom\u00e8re est n\u00e9anmoins pr\u00e9sente et ne devient visible qu’avec des techniques cibl\u00e9es.<\/p>\n
Pour les laboratoires qui r\u00e9alisent ou \u00e9valuent eux-m\u00eames une synth\u00e8se peptidique, le capping n’est donc pas une \u00e9tape facultative, mais un \u00e9l\u00e9ment \u00e0 part enti\u00e8re d’un protocole de synth\u00e8se robuste, au m\u00eame titre que le choix du r\u00e9actif de couplage et l’orthogonalit\u00e9 des groupes protecteurs.<\/p>\n
Le capping et la suppression de la rac\u00e9misation sont deux maillons moins visibles mais essentiels entre la synth\u00e8se brute et un peptide de recherche utilisable et bien caract\u00e9ris\u00e9. Ils montrent que la puret\u00e9 d’un peptide n’est pas seulement une question de purification apr\u00e8s coup, mais tout autant de choix effectu\u00e9s pendant la synth\u00e8se elle-m\u00eame.<\/p>\n
Ces informations sont exclusivement destin\u00e9es \u00e0 des fins de laboratoire et de recherche. Les produits et les informations de Dutch Peptide Labs ne sont pas destin\u00e9s \u00e0 la consommation humaine ou animale, \u00e0 un usage diagnostique ou \u00e0 une application th\u00e9rapeutique.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Lors de la synth\u00e8se de peptides de recherche par Fmoc-SPPS, toutes les \u00e9tapes de couplage n’atteignent pas cent pour cent. Un faible pourcentage de groupes amino reste non atteint et, sans intervention, ces couplages manqu\u00e9s s’accumulent en un m\u00e9lange de sous-produits qui abaisse la puret\u00e9 finale du mat\u00e9riel de recherche. Deux m\u00e9canismes jouent ici un […]<\/p>\n","protected":false},"author":0,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[243],"tags":[],"class_list":["post-850","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-uncategorized-fr"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/850","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=850"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/850\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":81807,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/850\/revisions\/81807"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=850"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=850"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=850"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}