Gdy badacze oceniaj\u0105 czysto\u015b\u0107 peptydu, ich wzrok zwykle kieruje si\u0119 od razu na procent HPLC w certyfikacie analizy. Warto\u015b\u0107 taka jak \u201eczysto\u015b\u0107 98%\u201d nie m\u00f3wi jednak nic o innej, mniej widocznej formie zanieczyszczenia: obecno\u015bci niew\u0142a\u015bciwego odbicia lustrzanego aminokwasu. Zjawisko to, chiralno\u015b\u0107, odgrywa niedocenian\u0105 rol\u0119 w jako\u015bci i powtarzalno\u015bci peptyd\u00f3w badawczych.<\/p>\n
Aminokwasy s\u0105 cz\u0105steczkami chiralnymi: wyst\u0119puj\u0105 w dw\u00f3ch formach b\u0119d\u0105cych swoimi lustrzanymi odbiciami, oznaczanych jako konfiguracja L i D. W naturze bia\u0142ka i peptydy s\u0105 zbudowane niemal wy\u0142\u0105cznie z L-aminokwas\u00f3w. Nie jest to przypadek, lecz wynik dzia\u0142ania maszynerii biosyntetycznej kom\u00f3rek, kt\u00f3ra jest specyficznie dostosowana do tej konfiguracji. D-aminokwas w niew\u0142a\u015bciwym miejscu sekwencji nie zmienia zasadniczo tr\u00f3jwymiarowego fa\u0142dowania cz\u0105steczki na poziomie wzoru sumarycznego czy masy cz\u0105steczkowej, ale zmienia je na poziomie struktury przestrzennej. Dla technik analitycznych mierz\u0105cych wy\u0142\u0105cznie mas\u0119, takich jak standardowa spektrometria mas, D-aminokwas jest niewidoczny: daje dok\u0142adnie tak\u0105 sam\u0105 mas\u0119 jak jego odpowiednik L.<\/p>\n
W syntezie peptyd\u00f3w na fazie sta\u0142ej \u0142a\u0144cuch jest budowany aminokwas po aminokwasie, przy czym ka\u017cdy etap sprz\u0119gania wymaga reakcji aktywacji. W zale\u017cno\u015bci od zastosowanych odczynnik\u00f3w, temperatury i czasu reakcji aktywacja ta mo\u017ce prowadzi\u0107 do cz\u0119\u015bciowej racemizacji: cz\u0119\u015b\u0107 L-aminokwasu przechodzi w form\u0119 D, zanim sprz\u0119ganie zostanie zako\u0144czone. Szczeg\u00f3lnie podatne s\u0105 na to aminokwasy z wra\u017cliwym centrum chiralnym, takie jak cysteina i histydyna. D\u0142u\u017csze sekwencje i wy\u017csze temperatury sprz\u0119gania r\u00f3wnie\u017c zwi\u0119kszaj\u0105 statystyczne prawdopodobie\u0144stwo racemizacji w kt\u00f3rym\u015b miejscu \u0142a\u0144cucha. Wynikiem jest partia, kt\u00f3ra w spektrometrii mas, a nawet w zwyk\u0142ej chromatografii HPLC w uk\u0142adzie faz odwr\u00f3conych, wygl\u0105da niemal identycznie jak czysty wzorzec, podczas gdy cz\u0119\u015b\u0107 cz\u0105steczek ma nieco inne u\u0142o\u017cenie przestrzenne.<\/p>\n
Chromatografia HPLC w uk\u0142adzie faz odwr\u00f3conych rozdziela cz\u0105steczki g\u0142\u00f3wnie na podstawie hydrofobowo\u015bci i polarno\u015bci, a nie chiralno\u015bci. Dwa diastereoizomery peptydu mog\u0105 w niekt\u00f3rych przypadkach wykazywa\u0107 ledwo wykrywaln\u0105 r\u00f3\u017cnic\u0119 w czasie retencji, ale nie jest to gwarantowane i silnie zale\u017cy od tego, w kt\u00f3rym miejscu sekwencji znajduje si\u0119 D-aminokwas. Aby rzeczywi\u015bcie ustali\u0107 czysto\u015b\u0107 chiraln\u0105, potrzebne s\u0105 specyficzne techniki: chiralna chromatografia HPLC ze specjalistyczn\u0105 kolumn\u0105, chromatografia gazowa po derywatyzacji lub analiza aminokwasowa po ca\u0142kowitej hydrolizie peptydu, a nast\u0119pnie chiralny rozdzia\u0142 poszczeg\u00f3lnych element\u00f3w budulcowych. Metody te s\u0105 bardziej pracoch\u0142onne i dlatego nie s\u0105 standardowo wykonywane dla ka\u017cdej partii, co oznacza, \u017ce CoA bez wyra\u017anych danych chiralnych nic nie m\u00f3wi o tym aspekcie czysto\u015bci.<\/p>\n
W literaturze naukowej wielokrotnie udokumentowano, \u017ce obecno\u015b\u0107 D-aminokwas\u00f3w mo\u017ce zmienia\u0107 oddzia\u0142ywanie z receptorem, szybko\u015b\u0107 degradacji enzymatycznej i tr\u00f3jwymiarow\u0105 konformacj\u0119 peptydu, a tym samym bezpo\u015brednio wp\u0142ywa\u0107 na wyniki eksperymentalne w opublikowanych badaniach. Dla laboratori\u00f3w prowadz\u0105cych badania por\u00f3wnawcze, mapuj\u0105cych zale\u017cno\u015bci mi\u0119dzy sekwencj\u0105 a aktywno\u015bci\u0105 lub zestawiaj\u0105cych wyniki od r\u00f3\u017cnych dostawc\u00f3w sp\u00f3jno\u015b\u0107 chiralna mi\u0119dzy partiami jest zatem wa\u017cniejsza ni\u017c sam wysoki og\u00f3lny procent czysto\u015bci. Dwie partie o identycznej czysto\u015bci HPLC 98% mog\u0105, je\u015bli jedna zawiera \u015blad racemizacji, a druga nie, dawa\u0107 r\u00f3\u017cne wyniki w dalszych eksperymentach, przy czym przyczyna nie b\u0119dzie od razu oczywista.<\/p>\n
Badacze, kt\u00f3rzy chc\u0105 uwzgl\u0119dni\u0107 czysto\u015b\u0107 chiraln\u0105, powinni zapyta\u0107 o metod\u0119 syntezy (jakie odczynniki sprz\u0119gaj\u0105ce i re\u017cimy temperaturowe zastosowano), o ewentualne dane z chiralnej chromatografii HPLC lub analizy aminokwasowej oraz o certyfikaty dla konkretnej partii zamiast certyfikat\u00f3w og\u00f3lnych. Producenci, kt\u00f3rzy w przejrzysty spos\u00f3b dokumentuj\u0105 swoje protoko\u0142y syntezy i kontroli jako\u015bci, daj\u0105 badaczom mo\u017cliwo\u015b\u0107 wyra\u017anego uwzgl\u0119dnienia tego aspektu przy interpretacji wynik\u00f3w lub por\u00f3wnywaniu dostawc\u00f3w.<\/p>\n
Chiralno\u015b\u0107 jest zatem dobrym przyk\u0142adem tego, \u017ce czysto\u015b\u0107 ma wi\u0119cej wymiar\u00f3w, ni\u017c sugeruje pojedynczy procent na certyfikacie, oraz tego, dlaczego krytyczne czytanie dokumentacji analitycznej powinno by\u0107 sta\u0142ym elementem ka\u017cdego procesu badawczego.<\/p>\n
Te produkty i informacje s\u0105 przeznaczone wy\u0142\u0105cznie do cel\u00f3w laboratoryjnych i badawczych. Nie s\u0105 przeznaczone do spo\u017cycia przez ludzi lub zwierz\u0119ta, do u\u017cytku diagnostycznego ani do zastosowa\u0144 terapeutycznych.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Gdy badacze oceniaj\u0105 czysto\u015b\u0107 peptydu, ich wzrok zwykle kieruje si\u0119 od razu na procent HPLC w certyfikacie analizy. Warto\u015b\u0107 taka jak \u201eczysto\u015b\u0107 98%\u201d nie m\u00f3wi jednak nic o innej, mniej widocznej formie zanieczyszczenia: obecno\u015bci niew\u0142a\u015bciwego odbicia lustrzanego aminokwasu. Zjawisko to, chiralno\u015b\u0107, odgrywa niedocenian\u0105 rol\u0119 w jako\u015bci i powtarzalno\u015bci peptyd\u00f3w badawczych. Co chiralno\u015b\u0107 oznacza dla peptydu […]<\/p>\n","protected":false},"author":0,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[265],"tags":[],"class_list":["post-1375","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-uncategorized-pl"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1375","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1375"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1375\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":81912,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1375\/revisions\/81912"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1375"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1375"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1375"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}