Przy budowie peptydu badawczego metod\u0105 syntezy peptyd\u00f3w na fazie sta\u0142ej (SPPS) uwaga cz\u0119sto skupia si\u0119 na chemii sprz\u0119gania: jaki odczynnik aktywuj\u0105cy, jakie grupy ochronne, jaki rozpuszczalnik. Wyb\u00f3r co najmniej r\u00f3wnie decyduj\u0105cy dla ko\u0144cowego wyniku jest regularnie pomijany: no\u015bnik sta\u0142y, czyli \u017cywica. Wyb\u00f3r \u017cywicy decyduje nie tylko o tym, czy syntetyczny peptyd zako\u0144czy si\u0119 wolnym kwasem karboksylowym, czy amidem, ale tak\u017ce o tym, ile materia\u0142u mo\u017cna zbudowa\u0107 na gram no\u015bnika i jak czysto przebiega ko\u0144cowe odszczepienie.<\/p>\n
W Fmoc-SPPS \u0142a\u0144cuch peptydowy jest budowany aminokwas po aminokwasie na nierozpuszczalnym polimerze, zwykle w postaci kulek z polistyrenu lub hybrydy PEG-polistyren. Do tego polimeru przy\u0142\u0105czony jest \u0142\u0105cznik (linker): struktura chemiczna, kt\u00f3ra utrzymuje pierwsz\u0105 reszt\u0119 aminokwasow\u0105 a\u017c do zako\u0144czenia syntezy, a nast\u0119pnie zostaje rozszczepiona okre\u015blonym odczynnikiem. Charakter tego \u0142\u0105cznika decyduje o chemicznym charakterze C-ko\u0144ca finalnego peptydu. Dlatego wyb\u00f3r \u017cywicy jest jedn\u0105 z pierwszych decyzji w ka\u017cdym protokole syntezy, podejmowan\u0105 jeszcze przed pierwszym etapem sprz\u0119gania.<\/p>\n
\u017bywica Wanga zawiera \u0142\u0105cznik typu alkoholu benzylowego, po\u0142\u0105czony wi\u0105zaniem estrowym z pierwszym, C-ko\u0144cowym aminokwasem. Odszczepienie kwasem trifluorooctowym (TFA) daje peptyd z woln\u0105 grup\u0105 karboksylow\u0105 na C-ko\u0144cu, por\u00f3wnywalny z naturalnym zako\u0144czeniem wielu fragment\u00f3w bia\u0142ek. \u0141\u0105cznik estrowy jest stosunkowo wra\u017cliwy na kwasy, co umo\u017cliwia odszczepienie w standardowych warunkach, ale oznacza te\u017c, \u017ce d\u0142ugotrwa\u0142a ekspozycja na kwa\u015bne warunki p\u0142ukania w trakcie syntezy mo\u017ce prowadzi\u0107 do przedwczesnej utraty zbudowanego dot\u0105d fragmentu. Dla grup badawczych potrzebuj\u0105cych fragment\u00f3w peptydowych z kwasowym zako\u0144czeniem karboksylowym \u2014 na przyk\u0142ad do bada\u0144 por\u00f3wnawczych z sekwencjami endogennymi \u2014 \u017cywica Wanga pozostaje zatem szeroko stosowanym standardem.<\/p>\n
Gdy pytanie badawcze wymaga natomiast amidowanego C-ko\u0144ca, w\u0142a\u015bciw\u0105 alternatyw\u0105 jest \u017cywica Rink Amide. \u0141\u0105cznik jest zbudowany wok\u00f3\u0142 struktury ksantenylowej lub aminometylowej, kt\u00f3ra po odszczepieniu TFA pozostawia amid pierwszorz\u0119dowy zamiast kwasu karboksylowego. Amidowanie C-ko\u0144ca wyst\u0119puje w wielu naturalnie wyst\u0119puj\u0105cych peptydach sygna\u0142owych i jest cz\u0119sto wykorzystywane w badaniach w celu zwi\u0119kszenia por\u00f3wnywalno\u015bci z takimi sekwencjami referencyjnymi. Praktyczn\u0105 zalet\u0105 \u017cywicy Rink Amide jest ponadto to, \u017ce sprz\u0119ganie pierwszego aminokwasu tworzy zwyk\u0142e wi\u0105zanie amidowe, identyczne jak w ka\u017cdym kolejnym etapie sprz\u0119gania w \u0142a\u0144cuchu \u2014 nie ma osobnej procedury estryfikacji, jak przy obsadzaniu \u017cywicy Wanga pierwsz\u0105 reszt\u0105.<\/p>\n
Opr\u00f3cz rodzaju \u0142\u0105cznika czynnikiem bezpo\u015brednio wp\u0142ywaj\u0105cym na jako\u015b\u0107 produktu ko\u0144cowego jest stopie\u0144 obsadzenia \u017cywicy (loading) \u2014 wyra\u017cany w milimolach grup reaktywnych na gram no\u015bnika. Wysoki stopie\u0144 obsadzenia daje teoretycznie wi\u0119cej peptydu na parti\u0119 syntezy, ale zbli\u017ca do siebie rosn\u0105ce \u0142a\u0144cuchy na powierzchni polimeru. Zwi\u0119ksza to ryzyko oddzia\u0142ywa\u0144 mi\u0119dzycz\u0105steczkowych, niepe\u0142nych sprz\u0119ga\u0144 i agregacji w trakcie syntezy, zw\u0142aszcza w przypadku d\u0142u\u017cszych lub hydrofobowych sekwencji. Ni\u017cszy stopie\u0144 obsadzenia (zwykle rz\u0119du 0,2\u20130,4 mmol\/g) zmniejsza to ryzyko i w praktyce jest cz\u0119sto preferowany dla trudnych fragment\u00f3w, kosztem bezwzgl\u0119dnej wydajno\u015bci na gram \u017cywicy. W przypadku kr\u00f3tszych, mniej z\u0142o\u017conych sekwencji wy\u017cszy stopie\u0144 obsadzenia jest zazwyczaj w pe\u0142ni uzasadniony.<\/p>\n
Przy opracowywaniu protoko\u0142u syntezy badacze zwykle por\u00f3wnuj\u0105 ze sob\u0105 trzy elementy: po\u017c\u0105dany C-koniec docelowego peptydu, d\u0142ugo\u015b\u0107 i hydrofobowo\u015b\u0107 sekwencji oraz dost\u0119pn\u0105 ilo\u015b\u0107 materia\u0142u wyj\u015bciowego. Dla kr\u00f3tkich, prostych peptyd\u00f3w z kwasowym zako\u0144czeniem karboksylowym cz\u0119sto wystarcza \u017cywica Wanga o \u015brednio-wysokim stopniu obsadzenia. Dla d\u0142u\u017cszych sekwencji, struktur cyklicznych, w kt\u00f3rych funkcja amidowa s\u0142u\u017cy jako punkt zakotwiczenia, lub sekwencji o znanej sk\u0142onno\u015bci do agregacji cz\u0119\u015bciej wybiera si\u0119 \u017cywic\u0119 Rink Amide o ni\u017cszym stopniu obsadzenia, ewentualnie w po\u0142\u0105czeniu z blokami budulcowymi pseudoproliny lub dipeptyd\u00f3w, kt\u00f3re t\u0142umi\u0105 fa\u0142dowanie si\u0119 \u0142a\u0144cucha podczas syntezy. Dokumentacja tych wybor\u00f3w \u2014 rodzaju \u017cywicy, dostawcy, numeru partii i stopnia obsadzenia \u2014 powinna standardowo znale\u017a\u0107 si\u0119 w protokole syntezy, aby wyniki pozosta\u0142y identyfikowalne i por\u00f3wnywalne mi\u0119dzy partiami i laboratoriami.<\/p>\n
Wyb\u00f3r mi\u0119dzy \u017cywic\u0105 Wanga a \u017cywic\u0105 Rink Amide oraz kompromis dotycz\u0105cy stopnia obsadzenia wygl\u0105daj\u0105 na pierwszy rzut oka na szczeg\u00f3\u0142 w szerszym protokole SPPS. W praktyce jednak wyb\u00f3r ten wsp\u00f3\u0142decyduje o tym, czy synteza si\u0119 powiedzie, jak czysty produkt surowy opu\u015bci reaktor i ile oczyszczania b\u0119dzie jeszcze potrzebne. Przemy\u015blany wyb\u00f3r \u017cywicy, dopasowany do docelowej sekwencji, jest zatem jednym z najbardziej op\u0142acalnych sposob\u00f3w poprawy jako\u015bci projektu syntezy, zanim jeszcze nast\u0105pi pierwsze sprz\u0119ganie.<\/p>\n
Te informacje s\u0105 przeznaczone wy\u0142\u0105cznie do cel\u00f3w laboratoryjnych i badawczych. Produkty i informacje na tej stronie nie s\u0105 przeznaczone do spo\u017cycia przez ludzi lub zwierz\u0119ta, do u\u017cytku diagnostycznego ani do zastosowa\u0144 terapeutycznych.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Przy budowie peptydu badawczego metod\u0105 syntezy peptyd\u00f3w na fazie sta\u0142ej (SPPS) uwaga cz\u0119sto skupia si\u0119 na chemii sprz\u0119gania: jaki odczynnik aktywuj\u0105cy, jakie grupy ochronne, jaki rozpuszczalnik. Wyb\u00f3r co najmniej r\u00f3wnie decyduj\u0105cy dla ko\u0144cowego wyniku jest regularnie pomijany: no\u015bnik sta\u0142y, czyli \u017cywica. Wyb\u00f3r \u017cywicy decyduje nie tylko o tym, czy syntetyczny peptyd zako\u0144czy si\u0119 wolnym kwasem […]<\/p>\n","protected":false},"author":0,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[265],"tags":[],"class_list":["post-1389","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-uncategorized-pl"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1389","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1389"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1389\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":81931,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1389\/revisions\/81931"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1389"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1389"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/dutchpeptidelabs.nl\/pl\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1389"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}