Wiedza o peptydach
Badania, protokoły i aktualności na temat peptydów do zastosowań naukowych.
-
Mieszaniny odszczepiające w Fmoc-SPPS: dlaczego od zmiataczy zależy, czy peptyd badawczy zostanie uwolniony w czystej postaci
Każda synteza Fmoc-SPPS kończy się etapem, który na ostateczną czystość wpływa co najmniej tak samo jak chemia sprzęgania: odszczepieniem. W tym momencie kompletny peptyd, po dziesiątkach cykli sprzęgania i deprotekcji nadal przyłączony...
Czytaj więcej -
Capping i sekwencje delecyjne w Fmoc-SPPS: jak pominięte sprzęganie obniża czystość peptydu
W syntezie peptydów badawczych metodą Fmoc-SPPS nie każdy etap sprzęgania przebiega w stu procentach. Niewielki odsetek grup aminowych pozostaje nieprzereagowany, a bez interwencji te pominięte sprzęgania kumulują się w mieszaninę produktów ubocznych,...
Czytaj więcej -
Wybór żywicy w Fmoc-SPPS: żywica Wanga a żywica Rink Amide oraz rola stopnia obsadzenia
Przy budowie peptydu badawczego metodą syntezy peptydów na fazie stałej (SPPS) uwaga często skupia się na chemii sprzęgania: jaki odczynnik aktywujący, jakie grupy ochronne, jaki rozpuszczalnik. Wybór co najmniej równie decydujący dla...
Czytaj więcej -
Grupy ochronne w Fmoc-SPPS: jak ortogonalność decyduje o powodzeniu syntezy peptydów
Podczas budowania łańcucha peptydowego metodą syntezy na fazie stałej (SPPS) każdy reaktywny łańcuch boczny musi zostać tymczasowo osłonięty, w przeciwnym razie między aminokwasami, które nie mają zostać sprzęgnięte, zachodzą niepożądane reakcje uboczne....
Czytaj więcej -
Przyspieszone badania stabilności: jak określa się trwałość peptydów badawczych
Data ważności na certyfikacie analizy często wygląda jak ustalony fakt, ale za tą datą zwykle kryje się model obliczeniowy. Niewiele laboratoriów może sobie pozwolić na obserwowanie peptydu przez dwa lata w docelowej...
Czytaj więcej -
Odczynniki sprzęgające w syntezie peptydów: jak HBTU i HATU tworzą wiązania amidowe
W syntezie peptydów badawczych tworzenie wiązania amidowego wygląda na papierze prosto: grupa karboksylowa jednego aminokwasu reaguje z grupą aminową następnego. W praktyce jednak reakcja ta nie zachodzi sama z siebie. Wolny kwas...
Czytaj więcej -
Znakowanie fluorescencyjne i biotynowe peptydów badawczych: techniki i zagadnienia praktyczne
Dlaczego badacze znakują peptydy W wielu układach badawczych nie wystarcza wiedza, że peptyd uczestniczy w określonym oddziaływaniu — chce się też to oddziaływanie śledzić, zmierzyć lub zobrazować. Do tego celu peptyd często...
Czytaj więcej -
Atmosfera obojętna przy przechowywaniu peptydów badawczych: jak azot i argon przeciwdziałają utlenianiu
Peptydy badawcze zawierające cysteinę należą do najbardziej wrażliwych na utlenianie cząsteczek w bibliotece peptydów. Grupa tiolowa cysteiny reaguje już ze śladowymi ilościami rozpuszczonego tlenu, a skutek jest mierzalny: przesunięte piki w HPLC,...
Czytaj więcej -
Analiza agregacji peptydów badawczych: co ujawnia chromatografia wykluczania rozmiarowego
Agregacja jest jednym z najmniej widocznych, a zarazem najbardziej zakłócających zjawisk w badaniach peptydów. Próbka może wyglądać na całkowicie czystą w spektrometrii mas i HPLC, a mimo to zachowywać się nieoczekiwanie w...
Czytaj więcej -
Punkt izoelektryczny peptydów badawczych: jak ładunek netto wpływa na rozpuszczalność i agregację
Każdy, kto regularnie pracuje z liofilizowanymi peptydami badawczymi, zna ten problem: peptyd, który według certyfikatu powinien być całkowicie rozpuszczalny, mimo to mętnieje w określonym buforze lub wytrąca się po kilku godzinach. Wyjaśnienie...
Czytaj więcej -
Modyfikacje N- i C-końcowe peptydów badawczych: acetylacja i amidowanie
Peptydy badawcze zamawia się niemal zawsze z określoną sekwencją, ale kto przyjrzy się dokładnie specyfikacji, często widzi też uwagę dotyczącą końców łańcucha: wolna grupa aminowa na N-końcu, wolny kwas na C-końcu lub...
Czytaj więcej -
Dichroizm kołowy: określanie struktury drugorzędowej peptydów badawczych
Większość technik analitycznych omówionych w poprzednich artykułach na tym blogu — HPLC, spektrometria mas, spektrofotometria UV-Vis, analiza aminokwasowa — odpowiada na pytanie, ile peptydu znajduje się w próbce i jak czysty on...
Czytaj więcej
