Wiedza o peptydach
Badania, protokoły i aktualności na temat peptydów do zastosowań naukowych.
-
Chemia click w badaniach peptydów: cykloaddycja azydek-alkin do ukierunkowanej biokoniugacji
Co sprawia, że reakcja należy do „chemii click”? Chemia click to zbiorcze określenie klasy reakcji chemicznych, które przebiegają szybko, selektywnie i w łagodnych warunkach, z wysoką wydajnością i niewielką ilością niepożądanych produktów...
Czytaj więcej -
Mapowanie peptydowe peptydów badawczych: trawienie enzymatyczne i LC-MS/MS w potwierdzaniu sekwencji
Oznaczenie masy nienaruszonej cząsteczki metodą LC-MS potwierdza, że peptyd badawczy ma prawidłową masę cząsteczkową, ale niewiele mówi o dokładnej kolejności aminokwasów w jego obrębie. Dwa peptydy o identycznej masie mogą mieć zupełnie...
Czytaj więcej -
Zielone rozpuszczalniki w SPPS: dlaczego DMF jest pod presją i jakie są alternatywy
Dimetyloformamid (DMF) od dziesięcioleci jest standardowym rozpuszczalnikiem w syntezie peptydów na fazie stałej (SPPS) opartej na Fmoc: dobrze pęcznieje w nim żywica polistyrenowa i PEG, łatwo rozpuszcza chronione aminokwasy i odczynniki sprzęgające...
Czytaj więcej -
Rozpuszczalniki resztkowe w peptydach badawczych: co ujawnia analiza GC po liofilizacji
Po syntezie na fazie stałej, odszczepieniu, oczyszczaniu metodą preparatywnej HPLC i liofilizacji peptyd badawczy rzadko jest całkowicie wolny od substancji chemicznych, które umożliwiły proces syntezy i oczyszczania. Oprócz zawartości wody, oznaczanej zwykle...
Czytaj więcej -
Peptydy zszywane: jak węglowodorowa „zszywka” poprawia strukturę drugorzędową i odporność na proteazy w badaniach
Peptydy liniowe mają problem strukturalny: poza sfałdowanym białkiem krótkie sekwencje alfa-helikalne tracą swój kształt, gdy tylko trafią do roztworu. Dla badaczy, którzy chcą badać konkretną helisę — na przykład w celu odtworzenia...
Czytaj więcej -
Peptydy znakowane izotopami stabilnymi: wzorce wewnętrzne do ilościowej analizy LC-MS/MS
Ilościowa spektrometria mas odgrywa coraz większą rolę w badaniach związanych z peptydami, od badań proteomicznych po charakterystykę syntetycznych peptydów badawczych. Jednak sygnał LC-MS/MS sam w sobie nie jest wiarygodną miarą stężenia: wydajność...
Czytaj więcej -
Mostki disiarczkowe w peptydach badawczych z wieloma resztami cysteiny: fałdowanie oksydacyjne i strategie regioselektywne
Wiele bioaktywnych peptydów badawczych zawdzięcza swoją strukturę przestrzenną nie tylko sekwencji aminokwasów, lecz także jednemu lub kilku mostkom disiarczkowym między resztami cysteiny. W peptydach zawierających tylko jedną parę cystein tworzenie takiego mostka...
Czytaj więcej -
Natywna ligacja chemiczna: poza granicą długości SPPS
Dlaczego SPPS nie skaluje się w nieskończoność Synteza peptydów na fazie stałej (SPPS) to standardowa metoda wytwarzania peptydów badawczych, reszta po reszcie, na stałym nośniku żywicznym. We wcześniejszych artykułach na tym blogu...
Czytaj więcej -
Pozostałość TFA po wymianie przeciwjonu: co ujawnia chromatografia jonowa
Dlaczego pozostałość TFA ma znaczenie Kwas trifluorooctowy (TFA) jest niezbędny w preparatywnym oczyszczaniu peptydów badawczych metodą HPLC: działa jako odczynnik tworzący pary jonowe i daje podczas oczyszczania ostre, dobrze rozdzielone piki. Po...
Czytaj więcej -
Elektroforeza kapilarna jako technika ortogonalna obok RP-HPLC w peptydach badawczych
Gdy peptyd badawczy przeszedł preparatywne oczyszczanie metodą HPLC i wymianę przeciwjonu, pozostaje zasadnicze pytanie: czy podawany procent czystości jest rzeczywiście prawidłowy? RP-HPLC jest standardem branżowym, ale żadna technika rozdzielania nie jest nieomylna....
Czytaj więcej -
Od czystej frakcji do produktu końcowego: łączenie frakcji i wymiana przeciwjonu po preparatywnej chromatografii HPLC
Preparatywna chromatografia HPLC daje serię frakcji, z których każda ma własny profil czystości. Frakcja opuszczająca kolektor nie jest jednak jeszcze produktem końcowym. Między „czystym pikiem” a „udokumentowanym peptydem badawczym w postaci proszku”...
Czytaj więcej -
Oczyszczanie peptydów badawczych metodą preparatywnej HPLC: od surowej mieszaniny do czystej frakcji
Po etapie odszczepiania na stole laboratoryjnym nie ma czystego peptydu badawczego, lecz złożona surowa mieszanina. W poprzednim artykule z tej serii omówiliśmy, w jaki sposób zmiatacze stosowane podczas odszczepiania za pomocą TFA...
Czytaj więcej
