Learning about peptides
Onderzoek, protocollen en updates over peptiden voor wetenschappelijk gebruik.
-
Groene oplosmiddelen in SPPS: waarom DMF onder druk staat en wat de alternatieven zijn
Dimethylformamide (DMF) is decennialang het standaardoplosmiddel geweest in Fmoc-gebaseerde solid-phase peptidesynthese (SPPS): het zwelt polystyreen- en PEG-harsen goed, lost beschermde aminozuren en koppelingsreagentia vlot op, en is compatibel met vrijwel elk syntheseprotocol....
Read more -
Restoplosmiddelen in onderzoekspeptiden: wat GC-analyse onthult na lyofilisatie
Na solid-phase synthese, cleavage, preparatieve HPLC-zuivering en lyofilisatie is een onderzoekspeptide zelden volledig vrij van de chemicaliën die het synthese- en zuiveringsproces mogelijk maakten. Naast het watergehalte, dat doorgaans met Karl Fischer-titratie...
Read more -
Lipidatie van onderzoekspeptiden: vetzuurconjugatie, albuminebinding en de analytische gevolgen
Peptiden hebben in vivo vaak een opvallend korte halfwaardetijd: renale klaring en enzymatische afbraak kunnen actieve stof binnen enkele minuten tot uren uit de circulatie verwijderen. In de onderzoeksliteratuur is lipidatie —...
Read more -
Gestapelde peptiden: hoe een hydrocarbon-"nietje" secundaire structuur en proteaseresistentie in onderzoek verbetert
Lineaire peptiden hebben een structureel probleem: buiten een gevouwen eiwit heen verliezen korte alfa-helische sequenties hun vorm zodra ze in oplossing gaan. Voor onderzoekers die een specifieke helix willen bestuderen — bijvoorbeeld...
Read more -
Stabiel-isotoop gelabelde peptiden: interne standaarden voor kwantitatieve LC-MS/MS
Kwantitatieve massaspectrometrie speelt een steeds grotere rol in peptide-gerelateerd onderzoek, van proteomicsstudies tot de karakterisering van synthetische onderzoekspeptiden. Maar een LC-MS/MS-signaal is op zichzelf geen betrouwbare maat voor concentratie: ionisatie-efficiëntie verschilt per...
Read more -
Disulfidebruggen in multi-cysteïne onderzoekspeptiden: oxidatieve vouwing en regioselectieve strategieën
Veel bioactieve onderzoekspeptiden ontlenen hun driedimensionale structuur niet alleen aan hun aminozuurvolgorde, maar ook aan een of meer disulfidebruggen tussen cysteïneresiduen. Bij peptiden met slechts één cysteïnepaar is de vorming van die...
Read more -
Native Chemical Ligation: Voorbij De Lengtelimiet Van SPPS
Waarom SPPS niet onbeperkt doorschaalt Solid-phase peptidesynthese (SPPS) is de standaardmethode voor het opbouwen van onderzoekspeptiden, residu voor residu, op een vast harsdrager. In eerdere artikelen op dit blog kwamen de bouwstenen...
Read more -
Restgehalte TFA na tegenion-uitwisseling: wat ionchromatografie onthult
Waarom restgehalte TFA er toe doet Trifluorazijnzuur (TFA) is onmisbaar in de preparatieve HPLC-zuivering van onderzoekspeptiden: het fungeert als ionenparingsreagens en zorgt voor scherpe, goed gescheiden pieken tijdens de zuivering. Na tegenion-uitwisseling...
Read more -
Capillaire elektroforese als orthogonale techniek naast RP-HPLC bij onderzoekspeptiden
Wanneer een onderzoekspeptide de preparatieve HPLC-zuivering en tegenion-uitwisseling heeft doorstaan, rest een cruciale vraag: klopt het gerapporteerde zuiverheidspercentage eigenlijk wel? RP-HPLC is de industriestandaard, maar geen enkele scheidingstechniek is onfeilbaar. Capillaire elektroforese...
Read more -
Van zuivere fractie tot eindproduct: pooling en tegenion-uitwisseling na preparatieve HPLC
Preparatieve HPLC levert een reeks fracties op, elk met een eigen zuiverheidsprofiel. Maar de fractie die uit de collector rolt, is nog geen eindproduct. Tussen "zuivere piek" en "gedocumenteerde onderzoekspeptide in poedervorm"...
Read more -
Preparatieve HPLC-zuivering van onderzoekspeptiden: van ruw mengsel naar zuivere fractie
Na de cleavage-stap ligt er geen zuiver onderzoekspeptide op de bank, maar een complex ruw mengsel. In het vorige artikel in deze reeks kwam aan bod hoe scavengers tijdens de TFA-cleavage voorkomen...
Read more -
Cleavage-cocktails in Fmoc-SPPS: waarom scavengers bepalen of een onderzoekspeptide zuiver vrijkomt
Elke Fmoc-SPPS-synthese eindigt met een stap die minstens zoveel invloed heeft op de uiteindelijke zuiverheid als de koppelingschemie zelf: de cleavage. Op dit punt wordt het volledige peptide, dat na tientallen koppelings-...
Read more
